1988 - Kreikka (1981), Espanja ja Portugali (1986) olivat liittyneet yhteisön jäseniksi, ja sen johdosta rakennerahastoja alettiin ohjata yleisellä koheesiopolitiikalla, jonka pääperiaatteita olivat:
Keskittyminen köyhimpiin ja vähiten kehittyneisiin alueisiin
monivuotiset ohjelmat
investointien strateginen kohdentaminen
alueellisten ja paikallisten kumppaneiden osallistuminen.
Talousarvio: 64 miljardia ecua
1994 - 1999
1993 - Maastrichtin sopimuksen myötä tuli kolme uudistusta:
1994-99 - Rakenne- ja koheesiorahastojen määrärahat kaksinkertaistuivat, ja niiden osuus oli kolmannes EU:n talousarviosta.
1995 - Lisättiin erityistavoite Suomen ja Ruotsin harvaan asuttujen alueiden tukemiseksi.
Talousarvio: 168 miljardia ecua
2000 - 2006
2000 - Lissabonin strategian myötä EU:n ensisijaisiksi tavoitteiksi nousivat kasvu, työllisyys ja innovointi. Koheesiopolitiikan ensisijaiset tavoitteet muuttuivat vastaavasti.
2000-04 - Liittymistä valmistelevien tukivälineiden avulla alettiin antaa rahoitusta ja asiantuntija-apua EU:hun liittyville maille.
2004 - Unioniin liittyi 10 uutta valtiota (EU:n väkiluku kasvoi 20 prosenttia, mutta BKT vain 5 prosenttia).
Talousarvio: 213 miljardia euroa 15 vanhan jäsenvaltion osalta; 22 miljardia euroa uusien jäsenvaltioiden osalta (2004-2006)
2007 - 2013
2007: Bulgaria ja Romania liittyvät Euroopan unioniin
Yksinkertaisemmat säännöt ja rakenteet
Uudistuksen keskeisiä osatekijöitä ovat avoimuuden ja viestinnän korostaminen sekä entistä vahvempi painotus kasvuun ja työpaikkoihin
Keskeiset investointialat (25 prosenttia budjetista on korvamerkitty tutkimukselle ja innovaatiolle sekä 30 prosenttia ympäristöinfrastruktuurille ja ilmastonmuutoksen torjumisessa tarvittaville toimenpiteille)