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Ciascuno Stato membro concorda, insieme alla Commissione europea, uno o più programmi operativi per i finanziamenti dell'FSE durante il periodo di programmazione settennale. I programmi operativi definiscono le priorità di intervento delle attività dell’FSE e i relativi obiettivi.
L’UE distribuisce i finanziamenti dell'FSE agli Stati membri e alle regioni al fine di sostenerne i programmi operativi. Tali programmi finanziano progetti nel campo dell’occupazione gestiti da un ventaglio di organizzazioni pubbliche e private, denominate beneficiari. I progetti recano benefici ai partecipanti (generalmente individui, ma talvolta anche organizzazioni o aziende).
Il Fondo sociale europeo è definito e attuato in partenariato dalla Commissione europea e dalle autorità nazionali e regionali. Altre parti, come ONG e organizzazioni dei lavoratori, sono coinvolte nell'elaborazione di una strategia FSE e nel monitoraggio della sua attuazione. Collaborare è infatti il metodo migliore per assicurare che le risorse siano impiegate nel modo più efficace ed efficiente possibile e rispondano ai bisogni di una determinata regione o comunità. Alla base del funzionamento dell'FSE vi sono altri due importanti principi:
Il livello dei finanziamenti dell'FSE varia da una regione all'altra a seconda della loro ricchezza relativa. Le regioni europee sono divise in quattro categorie di finanziamento in base al PIL regionale pro capite messo a confronto con la media UE (a 25 o 15 Stati membri). Le quattro categorie sono rappresentate nel grafico e nella mappa qui sotto.
I paesi e le regioni possono rientrare in due obiettivi: l’obiettivo Convergenza, che promuove la crescita e la creazione di posti di lavoro nelle regioni e negli Stati membri meno sviluppati, attrae il 70% delle risorse dell’FSE e prevede tassi di cofinanziamento più elevati; l’obiettivo Competitività regionale e occupazione si applica a tutte le altre aree dell’UE al fine di aiutare le regioni e i cittadini ad anticipare e affrontare i mutamenti in modo da rafforzare la propria competitività e migliorare le proprie prospettive occupazionali. Le regioni in “phasing-out” e in “phasing-in” sono regioni in transizione dal primo al secondo obiettivo.