Die TEN-V-Rechtsvorschriften sind noch in der Entstehungsphase und die eigentliche Herausforderung liegt darin, schneller voranzuschreiten, damit neue und verbesserte Verbindungen in Betrieb genommen werden können. Verfahrens- und technische Probleme verlangsamen die Fortschritte bei einigen der vorrangigen Achsen, insbesondere auf grenzüberschreitenden Abschnitten, doch ist die Hauptursache für Verzögerungen der Mangel an finanziellen Mitteln. Die EU könnte einen gewissen Beitrag zur Finanzierung dieser Projekte leisten, aber den größten Anteil müssen nationale und regionale Regierungen sowie der Privatsektor aufbringen.

Die Gesamtkosten für den Abschluss der 30 vorrangigen Achsen bis 2020 wurden 2004 auf 225 Mrd. EUR geschätzt, einschließlich 112 Mrd. EUR für die Fertigstellung der 14 ursprünglichen Projekte. Die jüngsten Angaben der Mitgliedstaaten von Anfang 2005 zeigen, dass sich der Restinvestitionsbedarf auf insgesamt 252 Mrd. EUR erhöht hat. Würden alle anderen Projekte von gemeinsamem Interesse, die nicht auf der Schwerpunktliste erscheinen, mit einbezogen, würden die Gesamtkosten für die Vollendung des TEN-V 600 Mrd. EUR übersteigen. Trotz des hohen Investitionsbedarfs für die 30 vorrangigen Achsen entspricht dies nur etwa 0,16 % des europäischen BIP, während Schätzungen zufolge der Ausbau der vorrangigen Achsen ein zusätzliches Wirtschaftswachstum von 0,23 % des BIP bringen wird.

Zur Unterstützung der TEN-V-Projekte bestehen eine Reihe von EU-Finanzierungsquellen. Der zur Verfügung gestellte TENV- Haushalt wird zur Finanzierung von Vorbereitungsstudien (bis zu 50 %) und Baumaßnahmen (bis zu 10 % der Gesamtkosten und seit 2004 in außergewöhnlichen Fällen bis zu 20 %) verwendet. Bis einschließlich 2004 flossen aus diesem Haushalt insgesamt fast 5 Mrd. EUR in TEN-V-Projekte, d.h. seit 2000 durchschnittlich 600 Mio. EUR pro Jahr. Für den Zeitraum 2007-2013 hat die Kommission vorgeschlagen, die Unterstützung aus dem Haushalt deutlich zu erhöhen, nämlich auf insgesamt 20,35 Mrd. EUR bzw. fast 3 Mrd. EUR pro Jahr. Für grenzüberschreitende Abschnitte schlägt sie außerdem vor, den EU-Höchstanteil von 20 % auf 50 % anzuheben. Mitte 2005 stand jedoch die Entscheidung über den endgültigen Haushalt, der für das TEN-V in diesem Zeitraum verfügbar sein wird, noch an.

Aus den Struktur- und dem Kohäsionsfonds können TEN-VInfrastrukturprojekte in bestimmten Regionen finanziert werden. Im Zeitraum 2000-2006 werden diese Fonds mit ungefähr 20 Mrd. EUR zu TEN-V-Projekten, insbesondere in Griechenland, Irland, Portugal und Spanien (diese Länder haben in diesem Zeitraum Mittel aus dem Kohäsionsfonds erhalten), beitragen. Eine zusätzliche Strukturfinanzierung wird den neuen Mitgliedstaaten zugebilligt, davon 2,48 Mrd. EUR als Vorbeitrittsunterstützung. Für 2004-2006 werden aus dem Kohäsionsfonds und den Strukturfonds 4,24 Mrd. EUR bzw. 2,53 Mrd. EUR bereitgestellt. Nach 2006 werden sowohl der Kohäsions- als auch die Strukturfonds eine wichtige Finanzierungsquelle für TEN-V-Projekte in Regionen mit schwacher Wirtschaftsleistung bleiben.

Schließlich vergab die Europäische Investitionsbank (EIB) im vergangenen Jahrzehnt an die Mitgliedstaaten Darlehen in Höhe von etwa 50 Mrd. EUR. In den Jahren bis einschließlich 2010 wird die EIB für TEN-V-Projekte voraussichtlich noch einmal den gleichen Betrag an Darlehen zur Verfügung stellen.

Neben den EIB-Darlehen kann die gesamte EU-Finanzierung für das TEN-V nur ungefähr 5-6 % des Investitionsbedarfs decken. Die EU-Finanzierung kann als Katalysator für den Anschub von Projekten fungieren, doch sind es die Mitgliedstaaten, die den größten Teil der Förderung aufbringen müssen. Während die Regierungen viele Projekte auf den Weg gebracht haben, die ihren nationalen Prioritäten entsprechen, sind sie bei Projekten, die nicht in ihre nationalen Pläne eingehen, insbesondere bei Plänen grenzüberschreitender Natur, zurückhaltender. Heute belaufen sich die Investitionen der Regierungen im gesamten TEN-V-Netz auf ungefähr 0,3 % des BIP, ein gegenüber der Vergangenheit weitaus geringerer Anteil,weshalb für größere nationale Bemühungen Spielraum bestehen sollte.

Doch selbst bei einem deutlich höheren Anteil der nationalen und gemeinschaftlichen Finanzierung (einschließlich Darlehen) besteht noch eine erhebliche Finanzierungslücke, um die TEN-V-Projekte fertig zu stellen. Schätzungen zufolge könnte der Privatsektor für bestimmte Projekte einen Beitrag von maximal 20 % der notwendigen Mittel beisteuern, doch werden die nationalen Regierungen ein entscheidender Faktor in der Finanzierung des TEN-V bleiben.

Die Kommission prüft zurzeit, wie die Realisierbarkeit von öffentlich-privaten Partnerschaften (ÖPP) für den Bau und den Betrieb grenzüberschreitender Infrastruktur verbessert werden kann, insbesondere durch eine Überprüfung der Vergabe- und Genehmigungsvorschriften. Die Kommission plant z. B. ab 2007 die Einführung eines neuen Mechanismus zur Vergabe von Darlehensbürgschaften, um Geschäftsrisiken in der Anlaufphase der Nutzung einer Konzession abzudecken, falls z. B. die Einnahmen die Erwartungen nicht erfüllen und der Konzessionsinhaber Schwierigkeiten bei der termingerechten Rückzahlung der Darlehen hat.

Höhere Einnahmen von den Nutzern sind ein wesentlicher Bestandteil der ÖPP. Die EU hat eine Infrastrukturgebührenpolitik im Eisenbahnsektor eingeleitet und überprüft ihre Politik für den Straßensektor. Die derzeit diskutierten Änderungen in Bezug auf die entgeltpflichtige Straßennutzung für Schwerlastkraftwagen – die so genannte „Eurovignetten-Richtlinie“ – zielen darauf ab, durch ein kilometerabhängiges System die tatsächlichen Kosten der Fahrtstrecke des Fahrzeugs zu decken. Um Problemen der Verkehrsüberlastung und Umweltauswirkungen zu begegnen, könnten die Gebühren je nach Grad der Verkehrsbelastung und Umweltsensibilität gestaffelt werden.

Außerdem sieht der Richtlinienentwurf für die Mitgliedstaaten die Möglichkeit vor, in besonders sensiblen Gebieten, insbesondere in Gebirgsregionen, die Mautgebühren für die Straßenbenutzung um bis zu 25 % zu erhöhen. Diese Mittel würden zu den Investitionskosten anderer Verkehrsinfrastrukturen von hohem europäischem Interesse, insbesondere Eisenbahninfrastrukturen, beitragen. Der Brennerbasistunnel (siehe vorrangige Achse Nr. 1) ist nur ein Beispiel für die mögliche Nutzung dieser Querfinanzierung.