Um die Koordination von Investitionen zu verbessern, kann die Kommission gemäß den geänderten Leitlinien für einzelne grenzüberschreitende Abschnitte, für mehrere auf einer vorrangigen Achse liegende Projekte oder für eine ganze Achse Europäische Koordinatoren ernennen. Diese Europäischen Koordinatoren, die im Auftrag der Kommission tätig sind, befassen sich hauptsächlich mit Projekten, die einen kräftigen, oft politischen, Anstoß benötigen,um Schwierigkeiten in der Planungs- und Bauphase zu überwinden. Sie ermutigen zur Zusammenarbeit zwischen Nutzern und Betreibern, fördern Projekte bei privaten Investoren und Finanzinstituten, einschließlich in der EU, und unterrichten die Kommission über die erzielten Fortschritte.

In der ersten Runde wurden am 20. Juli 2005 Europäische Koordinatoren für die vorrangigen Achsen 1, 3, 6, 17 und 27 sowie für die Umsetzung des Europäischen Eisenbahnverkehrsleitsystems (ERTMS) ernannt.