Los esfuerzos de España para combatir pandemias como la de la COVID-19 han cobrado impulso gracias a la financiación europea destinada a mejorar las infraestructuras y adquirir nuevos equipos para la Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunidad Valenciana (FISABIO). El proyecto sitúa a FISABIO en una mejor posición para afrontar nuevos retos en el campo de la microbiología y las enfermedades infecciosas. El departamento de bioinformática del centro es ahora el único en España capaz de procesar secuencias a altas velocidades y en grandes cantidades, y el único de la Comunidad Valenciana que dispone de una sala de contención biológica de nivel tres.
- 19 September 2020
Gracias a la financiación recibida del Fondo Europeo de Desarrollo Regional, la infraestructura mejorada ya ha demostrado su potencial para la vigilancia genómica de agentes patógenos y ha resultado crucial para el análisis de la epidemiología molecular de la COVID-19 en España. Este sistema se aplicará también a la vigilancia de otros brotes en la Comunidad Valenciana.
El Servicio de Secuenciación y Bioinformática de FISABIO se centra en la secuenciación de genomas microbianos completos, proceso que determina la secuencia completa del ADN de un organismo. Este tipo de investigación es crucial en el campo de la genómica y las enfermedades infecciosas y raras, así como para la creación de vacunas. La secuenciación de genomas completos permite identificar con rapidez y precisión los factores de virulencia de los agentes patógenos, las causas de transmisión y las fuentes probables.
Durante la pandemia de COVID-19, la infraestructura mejorada ya ha demostrado su valía, secuenciando más de 1 500 secuencias positivas en SARS-CoV-2 de toda España.
Equipo de secuenciación avanzado
Para que su departamento de bioinformática pudiera analizar más muestras de ADN, el centro adquirió una máquina NextSeq 500, capaz de secuenciar 400 genomas bacterianos simultáneamente.
Además, el centro compró un nuevo servidor informático, un equipo de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real con un bloque de noventa y seis pocillos, tres congeladores verticales de alta capacidad y baja temperatura para almacenar muestras, además de una herramienta de fragmentación ultrasónica del ácido nucleico, todo ello para el área de investigación en genómica y salud.
Además, la financiación se utilizó para reforzar la infraestructura del laboratorio de bioinformática y proteger aún más la manipulación de microorganismos patógenos. Se incluyó la instalación de una sala de seguridad con el nivel tres de contención biológica —el nivel más alto es el cuatro— para trabajar con agentes infecciosos mortales. La sala tiene cuatro cabinas de bioseguridad, una estufa de cultivo celular y otro equipo de conservación.
Operatividad completa al brotar la COVID-19
Gracias a la inversión, el laboratorio de vigilancia del centro pudo centrar sus esfuerzos en la secuenciación y el análisis de secuencias positivas en SARS-CoV-2 procedentes de todo el país, al comienzo de la crisis de la COVID-19.
El centro demostró su capacidad de vigilancia y secuenciación al cargar una cantidad sustancial de datos en GISAID, una iniciativa científica mundial que promueve el pronto intercambio de datos sobre brotes de virus de la gripe. España es el tercer contribuyente de GISAID a nivel mundial en volumen de datos sobre brotes. De todas las secuencias del país, el 64 % proviene de FISABIO.
Además, gracias a la participación de más de treinta laboratorios de microbiología clínica de todo el país, FISABIO contribuyó a un esfuerzo nacional, desarrollado en el marco del consorcio SeqCOVID-Spain, para comprender mejor la dinámica de la COVID-19 y sus características epidemiológicas y clínicas mediante la secuenciación y el análisis de la epidemiología genómica del virus.
El centro ya ha contribuido de manera significativa a proteger la salud de los ciudadanos de la Comunidad Valenciana y probablemente sea útil en futuros brotes de gripe.
Inversión total y financiación de la Unión Europea
La inversión total en el proyecto «Updating of infrastructures for research in infectious diseases and emerging epidemics, focusing especially on their application in public health during the period 2014-2020» es de 1 413 619 EUR, con una contribución del Fondo Europeo de Desarrollo Regional de la Unión Europea de 706 809 EUR a través del Programa Operativo «Comunidad Valenciana» para el período de programación 2014-2020. Este proyecto corresponde a la prioridad «Empleos, crecimiento e inversión».