Az Európai Unió számára fontos prioritás a szabadságon, a biztonságon és a jog érvényesülésén alapuló térség kialakítása.
A Lisszaboni Szerződés jelentős hatást gyakorol az erre vonatkozó, már létező uniós szabályokra, és átfogóbb, hatékonyabb, átláthatóbb, demokratikusabb és nagyobb legitimitással bíró uniós fellépést tesz lehetővé e területen.
A szabadság, biztonság és jogérvényesülés területén hozott fontosabb döntések a Lisszaboni Szerződés hatálybalépéséig egyhangú tanácsi jóváhagyással születtek, miközben az Európai Parlament és az Európai Bíróság szerepe korlátozott maradt.
A Lisszaboni Szerződés nyomán demokratikusabbá és átláthatóbbá válik a döntéshozatal: egyes jogi aktusok elfogadásához a Parlament jóváhagyására is szükség van (együttdöntési eljárás), a tanácsi szavazást illetően pedig jelentősen bővül azon jogszabályterületek köre, ahol a minősített többség is elegendő.
A szerződés megkönnyíti az uniós fellépést azáltal, hogy megszünteti az elkülönült szakpolitikai területeket – az ún. „pilléreket” –, amelyek a büntetőügyekben folytatott rendőrségi és igazságügyi együttműködés vonatkozásában korábban jellemezték az intézményrendszert.
Továbbra is megmarad viszont a lehetőség, hogy a tagállamok jogalkotást kezdeményezzenek (a tagállamoknak legalább negyede szükséges ehhez) az operatív rendőrségi együttműködés, a büntetőjogi és adminisztratív együttműködés területén. Az Európai Bizottság ezen a téren maximálisan betöltheti a szerződések őreként reá háruló szerepet, és az Európai Bírósággal együttműködve gondoskodik majd a jogszabályok megfelelő alkalmazásáról.
A szabadság, biztonság és jogérvényesülés területét érintő vélemények kialakítása és vizsgálata során tevékenyebb szerepet kapnak a nemzeti parlamentek.
A Lisszaboni Szerződés garantálja az Európai Unió alapjogi chartájában rögzített szabadságokat és jogokat, és a charta rendelkezéseit kötelező jogi erővel ruházza fel. A chartában megfogalmazott rendelkezések megfelelő alkalmazásának ellenőrzésében növekszik a Bíróság szerepe.
Az egyhangúsági szabály miatt rendre előálló jogalkotási patthelyzetek megszüntetésével a Lisszaboni Szerződés által bevezetett változások átfogóbb, hatékonyabb, átláthatóbb, demokratikusabb és nagyobb legitimitással bíró döntéshozatalt tesznek lehetővé a szabadságon, a biztonságon és a jog érvényesülésén alapuló közös térség vonatkozásában.
Három tagállam – az Egyesült Királyság, Írország és Dánia – továbbra is szükségesnek ítélte, hogy nemzeti rendelkezései megőrzése érdekében a szabadság, a biztonság és a jogérvényesülés egyes területein fenntartsa illetve bővítse a rá vonatkozó külön rendelkezéseket.