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A una delle direzioni del Segretariato generale compete la responsabilità generale delle relazioni con il Consiglio dei ministri. Le compete inoltre la responsabilità generale di coordinamento della gestione della procedura di codecisione, che comporta relazioni sia con il Consiglio sia con il Parlamento europeo. Queste attività richiedono un duplice compito di coordinamento e di informazione:
Questa direzione è composta di tre unità, una per ciascun Coreper e una terza per la procedura di codecisione; quest'ultima svolge anche le funzioni di segretariato del GRI (Gruppo relazioni interistituzionali), in stretta collaborazione con la direzione responsabile delle relazioni con il Parlamento europeo. Quest'ultima direzione coordina inoltre la partecipazione della Commissione al G8.
L'organizzazione delle unità responsabili delle relazioni con il Consiglio rispecchia quella del Consiglio stesso e le disposizioni adottate dalla Commissione per essere rappresentata nelle riunioni del Coreper.
Se, dal punto di vista formale, il Consiglio è unico, in pratica esso si riunisce in formazioni diverse. Ai sensi dell'articolo 207 del trattato, "Un Comitato costituito dai rappresentanti permanenti degli Stati membri è responsabile della preparazione del lavoro del Consiglio e dell'esecuzione dei compiti che il Consiglio gli assegna". Il Coreper si riunisce a due livelli, nel cosiddetto Coreper I (rappresentanti permanenti aggiunti) e nel Coreper II (ambasciatori), i quali si dividono i compiti delle nove formazioni del Consiglio.
Preparazione svolta dal Coreper II:
Preparazione svolta dal Coreper I:
(* Per le questioni relative a salute e benessere degli animali, sicurezza alimentare, settori veterinario e fitosanitario. Gli altri dossier della politica agricola vengono preparati dal Comitato speciale agricoltura).
Nelle riunioni del Coreper II la Commissione è rappresentata dal segretario generale aggiunto, e dinanzi al Coreper I dal direttore responsabile, all'interno del Segretariato generale, delle relazioni con il Consiglio, entrambi di concerto con le direzioni generali competenti per le questioni da esaminare.
L'unità che assicura il coordinamento della gestione della procedura di codecisione svolge altresì le funzioni di segretariato del GRI.