In particolare il JRC ha firmato un accordo con il Parco Migliarino San Rossore Massaciuccoli, che ospita l'infrastruttura, per facilitare gli aspetti logistici dell'attività sperimentale, lo scambio di conoscenze e di dati, nonché le comunicazioni tra le parti.

Un altro accordo è stato firmato nel 2022 con l'Università degli Studi di Milano Bicocca, per sviluppare sinergie e scambio di conoscenze nel campo del rilevamento di prossimità. Il partner del JRC in questo caso sta aggiungendo la propria strumentazione e le proprie competenze all'attività e all'infrastruttura di base gestite dal JRC a San Rossore.

Infine, nell'ambito di un più ampio accordo quadro con l’ecosistema della ricerca di Pisa, siglato nel 2020, il JRC ha attivato un progetto di collaborazione tecnica con l'Istituto di Ricerca sugli Ecosistemi Terrestri Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR-IRET) e con l'Istituto di Scienze della Vita Scuola Superiore Sant'Anna (SSSA-ISV) per condividere conoscenze e competenze, concentrandosi sull'attività di San Rossore. Le competenze eco-fisiologiche e microbiologiche dei partner si uniscono e si aggiungono alla normale attività gestita dal JRC al fine di migliorare reciprocamente le conoscenze in campi di ricerca spesso sovrapposti.