Existem vários modos de gestão dos fundos da UE:

Gestão direta

A Comissão Europeia gere o orçamento dos projetos que são realizados pelos seus serviços na sua sede, nas delegações da UE ou através de agências de execução europeias. Esta forma de gestão engloba, entre outros aspetos, a seleção de contratantes, a concessão de subvenções, a transferência de fundos e atividades de acompanhamento.

Gestão indireta

Os programas de financiamento são geridos de forma indireta quando são realizados por países da UE, por países terceiros, por organizações internacionais ou por agências de desenvolvimento de países da UE.

Gestão partilhada

A Comissão Europeia confia a gestão dos programas aos países da UE no quadro da gestão partilhada. Cerca de 80% dos fundos da UE são objeto deste tipo de gestão.