Istnieją różne tryby zarządzania funduszami UE:

Zarządzanie bezpośrednie

Kiedy projekty są realizowane przez departamenty Komisji Europejskiej, zarządza ona budżetem bezpośrednio w swojej siedzibie, w delegaturach Unii lub za pośrednictwem agencji wykonawczych UE. Zarządzanie obejmuje udzielanie dotacji, transfer funduszy, działania monitorujące, wybór wykonawców itp.

Zarządzanie pośrednie

Programy finansowania są zarządzane pośrednio, kiedy są realizowane przez kraje partnerskie UE, kraje spoza UE, organizacje międzynarodowe, agencje rozwoju z państw członkowskich UE.

Zarządzanie dzielone

Komisja Europejska powierza zarządzanie programami krajom UE w trybie zarządzania dzielonego. Około 80 proc. unijnych środków finansowych podlega zarządzaniu dzielonemu.