ES lėšos valdomos įvairiai.

Tiesioginis valdymas

Europos Komisija valdo biudžetą, kai projektus vykdo jos padaliniai jos būstinėje, ES delegacijos arba ES vykdomosios įstaigos. Valdymas reiškia dotacijų skyrimą, lėšų pervedimą, veiklos stebėjimą, rangovų atranką ir kt.

Netiesioginis valdymas

Finansavimo programos valdomos netiesiogiai, kai jas vykdo ES šalys, ES nepriklausančios šalys, tarptautinės organizacijos ir ES šalių plėtros agentūros.

Pasidalijamasis valdymas

Pagal pasidalijamojo valdymo principą Europos Komisija patiki dalį programų valdymo užduočių ES šalims. Pasidalijamai valdoma apie 80 % ES lėšų.