Az uniós pénzforrásokkal kapcsolatos irányítási feladatokat a Bizottság vagy saját maga látja el, vagy átruházza, vagy a tagállamokkal megosztva végzi:

Közvetlen irányítás

Az uniós költségvetési források egy részének a felhasználását az Európai Bizottság közvetlenül – szervezeti egységein, az uniós küldöttségeken, illetve az EU végrehajtó ügynökségein keresztül – irányítja. Az irányítás különböző tevékenységeket foglal magában, így például a támogatások odaítélését, a vállalkozók kiválasztását, a pénzek kifizetését, a pénzforrások felhasználásának ellenőrzését stb.

Közvetett irányítás

Bizonyos finanszírozási programokat a Bizottság közvetítők útján irányít: ebben az esetben az uniós pénzforrások elosztását és a felhasználásuk ellenőrzését az érintett uniós, illetve nem uniós országok, nemzetközi szervezetek és az EU-országok fejlesztési ügynökségei végzik.

Megosztott irányítás

Az uniós finanszírozás 80%-a esetében az Európai Bizottság a tagállamokkal közösen látja el a pénzforrások elosztásával és felhasználásával kapcsolatos irányítási feladatokat.