Existujú rôzne spôsoby hospodárenia s finančnými prostriedkami EÚ:

Priame hospodárenie

Európska komisia zodpovedá za hospodárenie s finančnými prostriedkami v prípade, že projekty vykonávajú jej útvary, delegácie alebo výkonné agentúry. Hospodárenie zahŕňa udeľovanie grantov, presun finančných prostriedkov, monitorovanie, výber dodávateľov a iné.

Nepriame hospodárenie

Programy financovania sú riadené nepriamo, ak ich vykonávajú partnerské krajiny EÚ, krajiny mimo EÚ, medzinárodné organizácie alebo rozvojové agentúry členských štátov EÚ.

Zdieľané hospodárenie

V prípade zdieľaného hospodárenia Európska komisia zveruje riadenie programov krajinám EÚ. Približne 80 % financovania EÚ sa vykonáva v rámci zdieľaného hospodárenia.