Fondurile UE pot fi gestionate în mai multe moduri:

Gestiune directă

Comisia Europeană gestionează direct bugetul atunci când proiectele sunt derulate de către serviciile sale, la sediul său central, în delegațiile UE sau prin intermediul agențiilor executive ale UE. Gestiunea implică atribuirea granturilor, transferul de fonduri, activități de monitorizare, selectarea contractanților etc.

Gestiune indirectă

Programele de finanțare sunt gestionate indirect dacă sunt derulate de către țări partenere din UE, țări terțe, organizații internaționale sau agenții de dezvoltare ale statelor membre ale UE.

Gestiune partajată

În acest caz, Comisia Europeană încredințează gestionarea programelor țărilor UE. Aproximativ 80 % din fondurile acordate de UE se derulează în gestiune partajată.