Esistono diversi modalità di gestione dei finanziamenti dell'UE:

Gestione diretta

La gestione del bilancio spetta direttamente alla Commissione europea quando i progetti vengono svolti dai suoi servizi, presso le sue sedi, nelle delegazioni dell'UE oppure tramite agenzie esecutive dell'UE e include, tra l'altro, l'assegnazione delle sovvenzioni, il trasferimento dei fondi, il monitoraggio delle attività e la selezione dei contraenti.

Gestione indiretta

I programmi di finanziamento sono gestiti indirettamente quando vengono attuati da paesi partner dell'UE, da paesi extra-UE, da organizzazioni internazionali o da agenzie per lo sviluppo dei paesi dell'UE.

Gestione concorrente

In questa modalità la Commissione europea affida la gestione dei programmi agli Stati membri. Circa l'80% dei finanziamenti dell'UE rientra nella gestione concorrente.