Pour chaque initiative, le Service des IPE participe activement aux négociations légales, financières et institutionnelles puis met en place les structures de financement nécessaires.

Le Service des IPE prépare une analyse d'impact budgétaire pour chaque mission des RSUE et de la PSDC et pour chaque projet NPD, qu’il soumet à l’approbation des États membres au travers du groupe de travail des conseillers aux relations extérieures (RELEX).

Une fois l'approbation budgétaire obtenue, le Service des IPE entreprend la gestion contractuelle des missions des RSUE et de la PSDC et des projets NPD, apportant une assistance financière, administrative et budgétaire quotidienne et vérifiant les achats effectués dans le cadre des missions.

Le Service des IPE représente également la Commission au sein du groupe RELEX et du comité chargé des aspects civils de la gestion des crises (CIVCOM).