Les règles et les systèmes de contrôle régissant le secteur de la pêche sont décidés au niveau européen, puis mis en œuvre par les États membres, par l'intermédiaire de leurs inspecteurs et autorités nationales.

Afin de favoriser la coopération et l'échange de bonnes pratiques, l'Agence communautaire de contrôle des pêches [1] (ACCP) organise des campagnes de contrôle conjointes, qui permettent aux inspecteurs de plusieurs États membres de travailler ensemble.
La Commission a ses propres inspecteurs, qui peuvent à tout moment effectuer une visite auprès des autorités nationales pour vérifier qu'elles mettent en œuvre correctement la réglementation européenne. En revanche, le contrôle des activités des pêcheurs eux-mêmes ne relève pas de leurs responsabilités.
Si la Commission constate que les autorités nationales ne mettent pas en œuvre correctement la réglementation européenne:

• elle tente dans un premier temps de résoudre le problème en recourant à la consultation;
• dans certaines circonstances, elle peut décider de suspendre temporairement l'aide financière versée par le Fonds européen pour la pêche ou de fermer la pêche jusqu'à ce que le problème soit réglé;
• tout dépassement de quotas est déduit des quotas ultérieurs;
• si l'État membre ne prend pas les mesures qui s'imposent, la Commission peut porter l'affaire devant la Cour de justice de l'Union européenne.