W tych dziedzinach, w których obowiązuje regionalizacja kraje UE zainteresowane zarządzaniem bezpośrednim mogą przedstawić wspólne zalecenia dotyczące realizacji celów wspomnianego wyżej planu lub środka. Zalecenia muszą być zgodne z celami WPRyb, z zakresem i celami środka lub planu, a także powinny być co najmniej tak rygorystyczne jak środki zapisane w prawie UE. Przed przedstawieniem wspólnych zaleceń Komisji kraje UE muszą zasięgać opinii odpowiednich komitetów doradczych [1]. Jeżeli wszystkie te warunki zostaną spełnione, Komisja może następnie przyjąć odpowiedni akt w celu przekształcenia wspólnych zaleceń w prawo UE, mające zastosowanie do wszystkich operatorów.