La gestion de la capacité de pêche vise à maintenir un équilibre stable et durable entre la capacité de pêche des flottes et les possibilités de pêche à long terme.

Les pays de l’UE sont tenus de présenter tous les ans un rapport à ce propos, en s'appuyant sur les lignes directrices de la Commission européenne. Pour les segments de flotte en surcapacité, les États membres doivent prendre des mesures dans le cadre d’un plan d’action afin d'atteindre l’équilibre, par exemple en désarmant des navires au moyen de fonds publics. L'absence de rapport ou de mise en œuvre du plan d’action par un État membre peut conduire à une suspension proportionnée ou à une interruption du financement correspondant.

La capacité de pêche de chaque pays de l'UE est plafonnée en kilowatts (kW) et en tonnage brut (TB). Les nouveaux navires de pêche ne peuvent entrer dans la flotte que lorsqu'une capacité équivalente (en kW et GT) a été retirée. Ce système «d'entrée-sortie» permet de stopper l'augmentation de la flotte européenne.

La Commission tient à jour un registre de la flotte de l'UE. Celui-ci contient les informations sur les navires qui lui sont régulièrement communiquées par les États membres.

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