Przepisy w dziedzinie rybołówstwa oraz systemy kontroli uzgadnia się na szczeblu unijnym, ale wdrażane są przez państwa członkowskie za pośrednictwem właściwych organów i z udziałem inspektorów.

Aby zachęcić do ściślejszej współpracy i wymiany sprawdzonych rozwiązań, Europejska Agencja Kontroli Rybołówstwa (EFCA) organizuje wspólne kontrole, w których uczestniczą inspektorzy z różnych państw UE.
Komisja ma również własnych inspektorów, którzy mogą w każdej chwili skontrolować, czy władze krajowe prawidłowo wprowadzają przepisy unijne. Zadanie inspektorów Komisji nie polega jednak na kontrolowaniu działań poszczególnych rybaków.
Jeżeli Komisja stwierdzi, że władze krajowe nie egzekwują prawidłowo przepisów w dziedzinie rybołówstwa:

• próbuje najpierw rozwiązać ten problem w drodze konsultacji
• w niektórych przypadkach może tymczasowo wstrzymać finansowanie z Europejskiego Funduszu Rybackiego do czasu rozwiązania problemu
• może odliczyć od przyszłych kwot ilości wykraczające poza dostępne limity
• jeśli państwo członkowskie nie podejmie odpowiednich działań, Komisja może wnieść przeciwko niemu sprawę do Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej.