De visserijregels en controlesystemen zijn overeengekomen op EU-niveau, maar worden uitgevoerd door autoriteiten en inspecteurs in de EU-landen.

Om nauwere samenwerking en uitwisseling van goede werkwijzen aan te moedigen, organiseert het Europees bureau voor visserijcontrole (EBVC) gezamenlijke controlecampagnes, waarbij inspecteurs uit verschillende EU-landen de krachten bundelen.
De Commissie heeft haar eigen inspecteurs die de nationale autoriteiten te allen tijde kunnen controleren op de juiste toepassing van de EU-regels. Controle van vissers is niet hun taak.
Als de Commissie vindt dat de nationale autoriteiten de regels niet goed toepassen,

• probeert zij eerst de problemen op te lossen door in gesprek te gaan,
• kan zij, in bepaalde gevallen, tijdelijk geld uit het Europees Visserijfonds niet uitbetalen totdat de kwestie is opgelost,
• kan zij vangsten boven de quota aftrekken van toekomstige quota
• EU-landen die niet voldoende maatregelen nemen, voor het Europese Hof van Justitie dagen