Οι κανόνες και τα συστήματα ελέγχου της αλιείας αποφασίζονται σε επίπεδο ΕΕ, αλλά εφαρμόζονται από τα κράτη μέλη μέσω των εθνικών αρχών και των επιθεωρητών.

Για να ενθαρρύνει τη στενότερη συνεργασία και την ανταλλαγή βέλτιστων πρακτικών, η Ευρωπαϊκή Υπηρεσία Ελέγχου της Αλιείας (ΕΥΕΑ) διοργανώνει κοινούς ελέγχους, στους οποίους συμμετέχουν επιθεωρητές από διάφορες χώρες της ΕΕ.
Η Επιτροπή διαθέτει τους δικούς της επιθεωρητές, οι οποίοι μπορούν να επισκεφθούν τις εθνικές αρχές οποτεδήποτε για να ελέγξουν αν αυτές εφαρμόζουν σωστά τους κανόνες της ΕΕ. Ωστόσο, ρόλος τους δεν είναι να επιθεωρούν τις δραστηριότητες των μεμονωμένων αλιέων.
Όταν η Επιτροπή διαπιστώσει ότι οι εθνικές αρχές δεν εφαρμόζουν σωστά τους κανόνες αλιείας:

• προσπαθεί πρώτα να επιλύσει τα προβλήματα μέσω διαβούλευσης
• σε ορισμένες περιπτώσεις μπορεί προσωρινά να διακόψει τη χρηματοδότηση από το Ευρωπαϊκό Ταμείο Αλιείας ή να απαγορεύσει την αλιεία μέχρις ότου επιλυθεί το πρόβλημα
• τυχόν υπερβάσεις ποσοστώσεων αφαιρούνται από μελλοντικές ποσοστώσεις και
• όταν το εν λόγω κράτος μέλος δεν έχει λάβει επαρκή μέτρα, μπορεί να το παραπέμψει στο Δικαστήριο της ΕΕ.