A halászati ellenőrzés nem merül ki a halászok tevékenységének tengeren történő vizsgálatában, mivel a tengeri vizsgálatok jelentős költségekkel járnak, és önmagukban nem elegendőek a szabályok érvényre juttatásához. Az ellenőrzések végigkísérik a kifogott halak útját egészen a kereskedőig.
A halászhajók el sem hagyhatják a kikötőt érvényes halászati jogosítvány nélkül.
A tengeri vizsgálatok nem szűntek meg, ám az ellenőrzés központjában immár az alábbi helyszínek állnak:

• a kikötők, ahol a kifogott halak kirakodása vagy átrakása történik;
• a szállítóeszközök;
• a halfeldolgozó üzemek;
• a piacok, ahol a halakat árusítják.

A termelési lánc minden szakaszában, minden szállítmány esetében adatokkal kell tudni igazolni, hogy a hal legális halászati tevékenységből származik.
A fent említett különböző vizsgálatokra uniós szinten megállapított előírások szerint kerül sor.
Az ellenőrző rendszer hatálya az EU felségvizein minden halászati tevékenységre kiterjed, de minden olyan halászati tevékenységet is magában foglal, amelyet uniós halászhajók, illetve európai uniós polgárok folytatnak bárhol a világon. Az ellenőrző rendszer hatálya kiterjed az akvakultúrára, valamint a veszélyeztett halállományokra irányuló szabadidős horgászatra is (például az angolna horgászatára, vagy a kékúszójú tonhal sporthorgászatára), amennyiben azok európai uniós szintű szabályozás alá esnek.