Οι αλιευτικοί έλεγχοι δεν αφορούν μόνο τον έλεγχο των δραστηριοτήτων των αλιέων στη θάλασσα, που είναι δαπανηρός και δεν μπορεί να διασφαλίσει από μόνος του την τήρηση των κανόνων. Έλεγχοι πραγματοποιούνται σε κάθε στάδιο της αλυσίδας από το σκάφος μέχρι τον λιανοπωλητή.
Απαγορεύεται ακόμη και ο απόπλους των αλιευτικών σκαφών που δεν έχουν έγκυρη άδεια αλιείας.
Αν και εξακολουθούν να πραγματοποιούνται έλεγχοι στη θάλασσα, έμφαση δίνεται πλέον στους ελέγχους που πραγματοποιούνται:

• στους λιμένες φόρτωσης ή μεταφόρτωσης αλιευμάτων
• κατά τη μεταφορά
• στα εργοστάσια μεταποίησης αλιευμάτων
• στις αγορές όπου πωλούνται τα αλιεύματα

Σε όλα τα στάδια της αλυσίδας παραγωγής και για κάθε αποστολή αλιευμάτων, θα πρέπει να παρέχονται στοιχεία που πιστοποιούν τη νόμιμη αλίευση των εκάστοτε προϊόντων.
Για όλα αυτά τα διαφορετικά είδη ελέγχου έχουν καθοριστεί κανόνες σε επίπεδο ΕΕ.
Το σύστημα ελέγχου εφαρμόζεται σε όλες τις αλιευτικές δραστηριότητες που ασκούνται στα ύδατα της ΕΕ και σε όλες τις δραστηριότητες των αλιευτικών σκαφών της ΕΕ και των υπηκόων της ΕΕ, ανεξαρτήτως του τόπου όπου ασκούνται. Εφαρμόζεται επίσης και στην ερασιτεχνική αλιεία ευαίσθητων ιχθυαποθεμάτων, καθώς και προϊόντων υδατοκαλλιέργειας, εφόσον τα προϊόντα αυτά καλύπτονται από κανόνες της ΕΕ, όπως για παράδειγμα η αλιεία χελιού ή ορισμένοι τύποι ερασιτεχνικής αλιείας τόννου.