En el caso de determinadas especies y zonas de pesca, la PPC limita la cantidad de puertos en que se pueden desembarcar grandes cantidades de pescado. El objetivo es facilitar el control exacto de los desembarques de gran volumen.

Para ello, los Estados miembros y los terceros países han designado determinados puertos – llamados por ello "puertos designados" –, en los cuales deben efectuarse obligatoriamente los desembarques voluminosos. Los pescadores cuyo volumen de capturas es menor también pueden, en la mayoría de los casos, desembarcar su pescado en otros puertos. Los límites de volumen y la lista de puertos designados pueden variar en función de la pesquería.

Las siguientes listas se basan en la información facilitada por los países interesados, vigente en el momento de la publicación. En caso de duda, deberán cotejarse detalladamente con las autoridades nacionales pertinentes.

• Especies pelágicas
• Buques de terceros países de la zona del Convenio CPANE (todos los desembarques, sin umbral de volumen)

Existen otras listas de puertos designados para otros tipos de pesca, como el bacalao o la merluza, que en la actualidad no se publican en la web de la Comisión. Pueden obtenerse directamente de la autoridad nacional correspondiente.