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Ciascuno Stato membro concorda, insieme alla Commissione europea, uno o più programmi operativi per i finanziamenti dell'FSE durante il periodo di programmazione settennale. I programmi operativi definiscono le priorità di intervento delle attività dell’FSE e i relativi obiettivi.
L’UE distribuisce i finanziamenti dell'FSE agli Stati membri e alle regioni al fine di sostenerne i programmi operativi. Tali programmi finanziano progetti nel campo dell’occupazione gestiti da un ventaglio di organizzazioni pubbliche e private, denominate beneficiari. I progetti recano benefici ai partecipanti (generalmente individui, ma talvolta anche organizzazioni o aziende).
Il Fondo sociale europeo è definito e attuato in partenariato dalla Commissione europea e dalle autorità nazionali e regionali. Altre parti, come ONG e organizzazioni dei lavoratori, sono coinvolte nell'elaborazione di una strategia FSE e nel monitoraggio della sua attuazione. Collaborare è infatti il metodo migliore per assicurare che le risorse siano impiegate nel modo più efficace ed efficiente possibile e rispondano ai bisogni di una determinata regione o comunità. Alla base del funzionamento dell'FSE vi sono altri due importanti principi:
Il livello dei finanziamenti dell'FSE e i tipi di progetti finanziati variano da una regione all'altra a seconda della loro ricchezza relativa. Le regioni europee sono divise in tre categorie di finanziamento in base al PIL regionale pro capite messo a confronto con la media UE (a 27 Stati membri).