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Victor de LorenzoEnrica GalliKen Timmis
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Apprécier la biodiversité

Dans la sphère du vivant, le monde microbien constitue un gigantesque réservoir encore à peine exploré de ressources susceptibles de produire des applications innovantes utiles à l'homme. La micro-biodiversité recèlerait-elle les ressources durables sur lesquelles les sociétés humaines pourront fonder une croissance économique d'un type nouveau ? Et comment bâtir un partenariat intelligent entre le patrimoine génétique de la planète et la responsabilité gestionnaire de l'humanité appelée à l'exploiter ?

image Deux milliards d'années de métabolismes

  • On recense aujourd'hui environ 1,7 millions d'espèces vivantes sur Terre. Combien en reste-t-il à découvrir ? Les estimations varient entre 10 et 100 millions, mais une chose est certaine : c'est dans la biodiversité microbienne - celle des bactéries, protozoaires, champignons et autres algues unicellulaires - que se situe le plus extraordinaire réservoir de vie de la biosphère et les connaissances que l'on en a sont encore infimes.

  • Victor de Lorenzo (Centro National de Biotecnologia, Madrid), président de la session, l'a synthétiquement illustré en présentant deux pyramides inversées. La première, celle de l'état des connaissances, pointant vers le haut, représentait la biodiversité connue, avec à la base presque tous les écosystèmes, beaucoup d'espèces animales, un peu moins de végétaux, et très peu d'espèces microbiennes (environ 4000). La seconde, pointant vers le bas, représentait la biodiversité à découvrir : quelques espèces animales, une quantité non négligeable de variétés végétales, une multitude de micro-organismes…

  • Quel enjeu scientifique représente cette biodiversité du monde microbien ? Enrica Galli (Università degli Studi, Milan) rappelle que,"durant deux milliards d'années, les micro-organismes ont été les seuls êtres vivants sur Terre, ce qui leur a laissé le temps d'explorer une variété infinie de métabolismes adaptés aux environnements les plus divers." En réalité, depuis longtemps, l'homme a tiré parti de cette richesse, que ce soit pour son alimentation (fermentations, etc.) ou pour sa santé (antibiotiques, vitamines...).

  • Mais la révolution actuelle de la génétique moléculaire renouvelle radicalement l'exploration méthodique de ce potentiel. C'est à cet aspect essentiel d'une nouvelle classification rationnelle du monde microbien que s'est, par exemple, attaché le programme européen "Outils moléculaires pour la biodiversité", coordonné par Angela Karp (Université de Bristol). L'enjeu d'une telle classification moléculaire n'est pas seulement conceptuel, a souligné Ken Timmis (Gesellschaft für Biotechnologische Forschung - Braunschweig), "car elle permet de définir les conditions de culture in vitro de micro-organismes inconnus, et c'est là la condition clé pour l'exploration du monde microbien".

image Nos amis les microbes…

  • "Les progrès de la génétique moléculaire permettent, en outre, de s'intéresser aux communautés de micro-organismes plus qu'aux micro-organismes isolés grâce aux approches fondées sur l'analyse des métagénomes, ou ensemble des génomes d'un écosystème microbien. Or, les propriétés intéressantes pour l'homme sont surtout le fait de ces communautés de micro-organismes, interagissant entre eux selon des règles encore mal comprises." Enfin, la manipulation génétique des bactéries, maîtrisée depuis 1972, permet de combiner au sein d'une seule cellule les propriétés de différents micro-organismes.

  • Le champ des applications utiles ainsi ouvert est immense et possède l'avantage d'un caractère environnementalement durable tiré de l'évolution naturelle du vivant : systèmes de surveillance assurés par des "bactéries sentinelles", dont la présence ou l'absence indique la présence de tel ou tel polluant, bioremédiation grâce aux micro-organismes dépolluants, biotransformation utilisant les bactéries comme autant d'usines cellulaires - comme c'est déjà le cas pour certains médicaments recombinants - ou encore découverte de nouvelles molécules (antibiotiques, engrais, pesticides...) utiles à l'homme. "L'exploitation de la diversité microbienne pourrait être un des secteurs économiques moteurs d'une croissance respectueuse de l'environnement au 21e siècle," a pronostiqué Ken Timmis. Et, comme l'a souligné Victor de Lorenzo, "selon le récent Eurobaromètre sur les jugements des citoyens par rapport aux sciences du vivant, cet aspect de l'application des biotechnologies est considéré par les Européens comme l'un des domaines de recherche fortement apprécié". Dans ce régistre, Enrica Galli a d'ailleurs recommandé de populariser la devise des microbiologistes : "prends soin de tes amis microbiens et ils prendront soin de ton avenir !"

image Réévaluer les enjeux industriels

  • Pourtant, si la maîtrise de la biodiversité microbienne ouvre une formidable perspective de développement durable, Ken Timmis, prenant l'exemple des développements pharmaceutiques, souhaite une réévaluation de nombre de pratiques industrielles qui sont en contradiction avec le respect de ce potentiel: "Qui se soucie aujourd'hui de la rapidité de dégradation des médicaments dans l'environnement ?" s'est-il interrogé, alors que l'on peut se douter que "plus un médicament a une demi-vie élevée, plus nous risquons d'y être exposés à notre insu, via l'eau de boisson par exemple, ce qui fait apparaître à terme des résistances, comme on le voit avec les antibiotiques".

  • Par ailleurs, cette voie durable est-elle aujourd'hui pleinement exploitée ? "Qui financera ces recherches, rentables uniquement à long-terme ?" a demandé Anne-Marie Prieels (Cabinet Tech-know). Ken Timmis constate également "une certaine frilosité des industriels à s'engager sur le secteur de la bioremédiation, perçu comme trop dépendant des législations et règlements imposés par les politiques et donc difficiles à anticiper. Els Torreele (Université Libre de Bruxelles) s'est inquiétée du fait que "les recherches fondamentales en amont des développements industriels sont aujourd'hui fort peu financées par le secteur public", alors que, comme l'a expliqué David Schindel (National Science Foundation), les programmes de recherche publique sur la biodiversité microbienne existent aux USA. Répondant à cette interpellation, Bruno Hansen (Commission européenne) a rappelé que l'Union est consciente de l'importance de ces recherches en amont, prenant pour exemple l'action concertée "Eurocold", animée par Nick Russel (Université de Londres), consacrée à l'étude des bactéries vivant dans les calottes glaciaires. Ces travaux ont permis de découvrir plusieurs enzymes actives à basse température, très utiles par exemple en industrie agro-alimentaire.

image Ethique de la diversité

  • Certains intervenants ont souhaité que l'on prenne la pleine mesure de l'importance éthique de la notion de biodiversité. Paul Janiaud (INSERM) et Franck Mulcahy (European Disability Forum), ont fait remarquer que tout se passait comme si l'espèce humaine se résumait, du point de la vue de la recherche génétique, "à des hommes entre 25 et 50 ans, non handicapés".

  • Ces points de vue ont lancé le débat sur l'importance de la conservation de toutes les dimensions de la biodiversité : écosystèmes, espèces et diversité génétique. "On ne conserve bien que ce que l'on utilise de manière raisonnée et durable" a estimé de Lorenzo. Dans son exposé sur les enjeux sociétaux de la biodiversité, Sue Mayer (Genewatch) a insisté sur "l'importance de l'érosion actuelle de la diversité biologique, qu'il s'agisse des espèces naturelles ou du germoplasme des espèces utilisées en agronomie". Elle s'est cependant refusée à en faire porter la responsabilité aux bouleversements induits par la génétique moléculaire et aux organismes génétiquement modifiés (OGM) : "Nous sommes à la croisée des chemins, entre un scénario pessimiste qui verrait une poignée d'espèces d'OGM cultivées intensément dans toutes les régions du monde et un scénario optimiste fondé sur une valorisation de la biodiversité appuyée par les méthodes de la génétique moléculaire".

image Les voies d'un débat

  • Comment, dès lors, choisir collectivement ? A partir de quelles données ? Françoise Pecqueraux (European Consumer Organisation) s'est interrogée sur "la possibilité de réaliser aujourd'hui une évaluation scientifique du risque associé aux techniques de la génétique moléculaire appliquée à l'environnement". Sue Mayer a répondu par la négative en jugeant "qu'une évaluation purement scientifique est impossible dans l'état actuel des connaissances". Patrick Cunningham (Trinity College, Dublin) a fait valoir que "l'évaluation des risques est aujourd'hui infiniment plus complexe qu'au temps de la conférence d'Asilomar qui avait vu, en 1974, une centaine de scientifiques évaluer à huis clos les problèmes causés par les manipulations génétiques des bactéries, alors toutes récentes". La place est donc libre pour un débat public de grande ampleur. Celui-ci ne sera fructueux, selon Sue Mayer, qu'à trois conditions : "que ce débat n'exclue aucun intervenant; qu'il ne surestime pas l'importance de la génétique, qui n'est qu'une partie du savoir scientifique; qu'il soit fondé sur une évaluation comparée des différentes options, aucune n'étant a priori à écarter". Le chemin ainsi tracé sera long et difficile, a-t-elle prévenu.
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