Dzielenie się kluczowymi danymi pomaga w walce z pandemią

W ramach finansowanego ze środków UE projektu opracowywano innowacyjne techniki wykrywania i wymiany informacji o ogniskach chorób zakaźnych. Metody te będą stosowane w przyszłości w celu poprawy reakcji systemów opieki zdrowotnej na pandemie. Niektóre z narzędzi opracowanych w ramach projektu są dalej rozwijane, aby ograniczyć rozprzestrzenianie się COVID-19.

Countries
Countries
  Algeria
  Argentina
  Australia
  Austria
  Bangladesh
  Belarus
  Belgium
  Benin
  Bolivia
  Bosnia and Herzegovina
  Brazil
  Bulgaria
  Burkina Faso
  Cambodia
  Cameroon
  Canada
  Cape Verde
  Chile
  China
  Colombia
  Costa Rica
  Croatia
  Cyprus
  Czechia
  Denmark
  Ecuador
  Egypt
  Estonia
  Ethiopia
  Faroe Islands
  Finland
  France
  French Polynesia
  Georgia

Countries
Countries
  Algeria
  Argentina
  Australia
  Austria
  Bangladesh
  Belarus
  Belgium
  Benin
  Bolivia
  Bosnia and Herzegovina
  Brazil
  Bulgaria
  Burkina Faso
  Cambodia
  Cameroon
  Canada
  Cape Verde
  Chile
  China
  Colombia
  Costa Rica
  Croatia
  Cyprus
  Czechia
  Denmark
  Ecuador
  Egypt
  Estonia
  Ethiopia
  Faroe Islands
  Finland
  France
  French Polynesia
  Georgia


  Infocentre

Published: 21 October 2020  
Related theme(s) and subtheme(s)
Agriculture & foodFood safety & health risks
Bioeconomy
EnvironmentHealth & environment
Health & life sciencesCommunicable diseases
Special CollectionsCoronavirus
Success stories in other languagesPolish
Countries involved in the project described in the article
Australia  |  Belgium  |  Denmark  |  France  |  Germany  |  Greece  |  Hungary  |  Italy  |  Netherlands  |  Spain  |  United Kingdom
Add to PDF "basket"

Dzielenie się kluczowymi danymi pomaga w walce z pandemią

Image

© maxsim #177951197, source:stock.adobe.com 2020

Przekonaliśmy się, jak fatalne skutki dla zdrowia publicznego mogą mieć brak gotowości i powolne reakcje na podejrzenie wybuchu epidemii.

Wybuch pandemii koronawirusa pokazał, że szybkie wykrycie ognisk i zebranie danych na temat rozprzestrzeniania się choroby oraz dzielenie się tymi informacjami mają kluczowe znaczenie dla ograniczenia jej skutków. Są to pierwsze istotne kroki, jakie organy zdrowia publicznego muszą podjąć w obliczu kryzysu zdrowotnego tego typu.

Projekt COMPARE został uruchomiony w 2014 roku w celu oceny możliwości wykorzystania danych z sekwencjonowania nowej generacji (ang. next generation sequencing, NGS) do badania, diagnozowania i wykrywania ognisk choroby.

„NGS umożliwia naukowcom szybkie sekwencjonowanie wybranej części lub całego genomu (kompletnej informacji genetycznej)”, wyjaśnia prof. Frank Aarestrup, kierownik grupy badawczej Narodowego Instytutu Żywności na Politechnice Duńskiej. „Pomaga również naukowcom rozpoznawać patogeny (czynniki wywołujące choroby, takie jak bakterie, wirusy itp.) na podstawie ich informacji genetycznych”. Projekt rozpoczął się na długo przed wybuchem obecnej pandemii, ale jego wyniki mogą mieć istotny wpływ na sposoby zwalczania tej oraz kolejnych pandemii.

Wymiana danych na temat wybuchu epidemii

Aarestrup i jego zespół sprawdzili, czy technologia NGS może pomóc w skuteczniejszym reagowaniu na różne zagrożenia chorobami zakaźnymi. „Naszym celem było opracowanie rozwiązania umożliwiającego gromadzenie, przetwarzanie i analizowanie danych z sekwencjonowania patogenów”, tłumaczy badacz. „Jeśli dane te zostałyby następnie połączone z innymi danymi klinicznymi, mogłyby dostarczyć systemom opieki zdrowotnej istotnych informacji, które mogłyby wspomóc podejmowanie decyzji o konieczności szybkiego działania w odpowiedzi na rozprzestrzeniające się zakażenia”.

Projekt COMPARE rozpoczęto od prezentacji dotyczącej wykorzystania technologii NGS do pobierania próbek, gromadzenia i sekwencjonowania danych o wybuchu epidemii. Jednym z ciekawych pomysłów było wykorzystanie metagenomiki – badania materiału genetycznego pobranego bezpośrednio z próbek środowiskowych. Aarestrup i jego zespół pokazali, w jaki sposób można wykryć wirusy w ściekach zbieranych na całym świecie i określić ich oporność na środki przeciwdrobnoustrojowe.

Następnie zespół pracował nad rozwiązaniami umożliwiającymi wymianę danych w całym środowisku naukowym, między różnymi krajami i instytucjami.

„Projekt COMPARE jest w pełni zgodny z celami i zasadami otwartej nauki”, mówi Aarestrup. „Stworzyliśmy nowe rozwiązania umożliwiające wymianę danych pochodzących z sekwencjonowania między naukowcami z różnych krajów. Udowodniliśmy też, że dzięki NGS możliwe jest wykrywanie chorób przenoszonych przez żywność, identyfikacja patogenów klinicznych i wykrywanie ognisk”.

Gotowość na przyszłe epidemie

Dane uzyskane w ramach projektu COMPARE umieszczono na przyjaznej dla użytkowników platformie do przesyłania i analizy danych składającej się z centrów danych. Z tego miejsca wszystkie dane NGS mogą być udostępniane w domenie publicznej. Dzięki platformie możliwe jest długoterminowe przechowywanie danych o dużej gęstości oraz łatwiejsze wyszukiwanie i ponowne wykorzystanie takich danych.

„Ta koncepcja będzie dalej rozwijana w formie realizowanych w ramach programu »Horyzont 2020« projektów RECODID i ECRAID”, mówi Aarestrup. „Wyniki projektu COMPARE zostaną także wykorzystane przez głównych członków konsorcjum w niedawno rozpoczętym projekcie VEO, realizowanym w ramach programu »Horyzont 2020«; twórcy projektu planują stworzyć wszechstronny system prognozowania i monitorowania”.

System ten będzie również służyć jako interaktywne obserwatorium, którego zadaniem będzie generowanie i rozpowszechnianie informacji na potrzeby oceny ryzyka i monitorowania pojawiających się chorób zakaźnych. Wiele działań realizowanych w ramach projektu przyspieszono z powodu wybuchu pandemii COVID-19.

„Prowadzony przez nas projekt zmienił sposób postrzegania pojawiających się chorób zakaźnych i patogenów przenoszonych przez żywność oraz badań klinicznych”, mówi Aarestrup. „Na początku projektu łączenie działań z różnych dyscyplin, takich jak skupienie się na konkretnych patogenach lub nawet konkretnych gatunkach, stanowiło wyzwanie”.

Aarestrup uważa, że udało się pokonać przynajmniej niektóre z tych ograniczeń. Dzięki temu istotne dane z wielu dziedzin nauki będą łatwiej dostępne. „Potrzebne są jeszcze dalsze badania, ale to ogromny sukces tego projektu”, mówi uczony.

Detale projektu

  • Akronim projektu: COMPARE
  • Uczestnicy: Dania (koordynator), Belgia, Francja, Niemcy, Grecja, Węgry, Włochy, Holandia, Hiszpania, Zjednoczone Królestwo, Australia
  • Numer projektu: 643476
  • Koszt całkowity: EUR 20 847 771
  • Wkład UE: EUR 20 817 771
  • Czas trwania: od grudnia 2014 do listopada 2019

See also

 

Convert article(s) to PDF

No article selected




loading
Print Version
Share this article
See also
Więcej informacji na temat projektu COMPARE