Na mocy rozporządzeń określających zasady funkcjonowania europejskich funduszy strukturalnych i inwestycyjnych (EFSI), programu „Horyzont 2020” oraz innych programów UE zarządzanych bezpośrednio przez Komisję w obszarze badań, innowacji i konkurencyjności – w szczególności programów COSME, Erasmus+, Kreatywna Europa, Europejskiego programu na rzecz zatrudnienia i innowacji społecznych („EaSI”) oraz części instrumentu „Łącząc Europę” poświęconej usługom cyfrowym – Komisja Europejska i państwa członkowskie są zobowiązane do zapewnienia koordynacji, synergii i komplementarności.
Na przestrzeni ostatnich dziesięciu lat znacznie zwiększono budżet programu „Horyzont 2020” (blisko 80 mld EUR) w porównaniu z poprzednimi programami ramowymi w zakresie badań oraz zdecydowanie zwiększono budżety związane z innowacjami i konkurencyjnością w ramach polityki spójności5, jednak najważniejszą kwestią jest zapewnienie optymalnych synergii pomiędzy funduszami, tak aby stawić czoła coraz większej presji konkurencyjnej ze strony rynków światowych oraz zmaksymalizować wpływ i efektywność finansowania publicznego6. Parlament Europejski i Rada wyraźnie stwierdziły, że nie tylko „wskazane byłoby mieć” taką strategię, ale że wręcz istnieje „konieczność jej wdrożenia”. Ta polityczna wola musi przeniknąć zainteresowane strony na wszystkich poziomach, na szczeblu państw członkowskich oraz służb Komisji, z uwzględnieniem sieci instytucji pośredniczących i podmiotów wspierających.
Aby to osiągnąć, niezbędne jest dostosowanie strategii i warunków wdrażania oraz uzupełnienie istniejących i przyszłych planów działań. Przełożenie tych nowych założeń na rzeczywiste działania będzie jednak procesem wymagającym ciągłego uczenia się, biorąc pod uwagę, że wdrażanie EFSI odbywa się na zasadach zarządzania dzielonego z państwami członkowskimi, natomiast wsparcie w ramach programów „Horyzont 2020”, COSME, Erasmus+ itd. jest przyznawane na szczeblu UE (bezpośrednio albo pośrednio przez Komisję). Pierwsze wyzwanie polega na dokonaniu strategicznych wyborów i planowania strategicznego przez państwa członkowskie, tj. na promowaniu doskonałości w obszarach inteligentnej specjalizacji. Po stronie programu „Horyzont 2020” wyzwanie to obejmuje wdrożenie programów w sposób sprzyjający synergiom pod względem podnoszenia świadomości, przekazywania informacji, angażowania się w kampanie informacyjne oraz możliwie intensywnego łączenia krajowych punktów kontaktowych (KPK) z krajowymi i regionalnymi decydentami i instytucjami zarządzającymi EFSI.