Die Europäische Kommission und die Mitgliedstaaten haben gemäß den Verordnungen mit den Regelungen für die europäischen Struktur- und Investitionsfonds (ESI-Fonds), Horizont 2020 und weitere EU-Programme, die von der Kommission in den Bereichen Forschung, Innovation und Wettbewerbsfähigkeit direkt verwaltet werden – insbesondere COSME, Erasmus+, Kreatives Europa, das Programm der Europäischen Union für Beschäftigung und soziale Innovation (EaSI) und die digitalen Dienste der Fazilität „Connecting Europe“ – die Aufgabe, Koordinierung, Synergien und Komplementaritäten zu gewährleisten.
Obwohl der Horizont-2020-Haushalt gegenüber dem vorherigen Forschungsrahmenprogramm erheblich aufgestockt wurde (fast 80 Mrd. EUR) und die Haushaltsmittel für Innovation und Wettbewerbsfähigkeit im Rahmen der Kohäsionspolitik in den vergangenen zehn Jahren deutlich erhöht wurden, ist es überaus wichtig, optimale Synergien zwischen den Fonds zu gewährleisten, um dem wachsenden Wettbewerbsdruck seitens der globalen Märkte standzuhalten und die Wirkung und Effizienz öffentlicher Finanzierungen zu maximieren. Das Europäische Parlament und der Rat haben deutlich gemacht, dass dieser Ansatz nicht mehr nur gewünscht, sondern schlicht notwendig ist. Dieser politische Wille muss alle Schichten von Interessenträgern in den Mitgliedstaaten wie auch bei den Dienststellen der Kommission, eingeschlossen Mittler und Unterstützernetzwerke, durchdringen.
Um dies zu erreichen, kommt es vor allem darauf an, Strategien und Durchführungsmodalitäten anzugleichen sowie bestehende und künftige Fahrpläne („Roadmaps“) zu ergänzen. Die Umsetzung dieser neuen Wirklichkeit wird jedoch ein Lernprozess sein, denn die Durchführung der ESI-Fonds erfolgt nach den Regeln der geteilten Mittelverwaltung der Mitgliedstaaten, während die Mittel für Horizont 2020, COSME, Erasmus+ usw. auf EU-Ebene zugeteilt werden (unmittelbar oder mittelbar von der Kommission). Zunächst muss es darum gehen, dass von den Regionen und Mitgliedstaaten strategische Entscheidungen getroffen und Pläne aufgestellt werden, d. h. der Boden für Spitzenleistungen in den Bereichen der intelligenten Spezialisierung bereitet wird. Auf Seiten von Horizont 2020 beinhaltet dies, dass die Programme synergiefreundlich durchgeführt werden, was Sensibilisierung, Bereitstellung von Informationen, Organisation von Kommunikationskampagnen und möglichst umfassende Verbindungen zwischen nationalen Kontaktstellen und nationalen und regionalen ESI-Fonds-Entscheidungsträgern und -Verwaltungsbehörden anbelangt.