Une molécule est un assemblage d’atomes disposés toujours selon la même architecture. Les molécules sont de la matière, vivante ou non. La plupart des molécules du vivant, comme l’ADN ou les protéines, sont de grosses molécules (des macromolécules) mais ne diffèrent pas, dans leur principe, des molécules de la matière inerte. Une molécule d’eau (H₂O) est composée de deux atomes d’hydrogène et d’un d’oxygène.