As áreas prioritárias e os critérios para o financiamento de acções ao abrigo do Programa de Saúde são estabelecidos anualmente num plano de trabalho
English (en) , com base no qual é publicado um convite à apresentação de propostas
English (en) que especifica as modalidades de financiamento e os procedimentos a seguir.

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São igualmente publicados concursos ao longo do ano.
As organizações interessadas devem apresentar o seu programa de trabalho e uma prova da sua capacidade financeira e operacional. As candidaturas são avaliadas e as subvenções são concedidas numa base concorrencial.
As propostas são avaliadas pela Comissão e pela Agência de Execução para a Saúde e os Consumidores, adjuvadas por peritos externos.
Os peritos externos são seleccionados através de convites à manifestação de interesse
English (en) .
Cada ano, as propostas que serão co-financiadas são anunciadas numa através de uma decisão de atribuição de subvenção
English (en) . Os candidatos cujas propostas se encontrem bem classificadas são convidados a negociar uma contribuição financeira sob a forma de um acordo de subvenção.