Het gezondheidsprogramma steunt activiteiten ter bescherming en verbetering van de volksgezondheid. De financieringsmogelijkheden hangen af van het soort project.
Jaarlijks wordt een werkplan opgesteld. Daarin staat hoe elk soort activiteit wordt gefinancierd, zodat de doelstellingen zo efficiënt mogelijk worden bereikt met de volledige inzet van alle partijen.
Meestal gaat het om cofinanciering, tenzij uitdrukkelijk anders bepaald. De subsidies van de Commissie dekken een bepaald percentage van de totale projectkosten.