Le programme Santé soutient des actions contribuant à améliorer et à protéger la santé humaine. Différents mécanismes de financement ont été prévus, en fonction du type de projet.
Chaque année, un plan de travail définit le type de financement applicable à chaque action, afin de réaliser les objectifs du programme de la façon la plus efficace possible, en associant pleinement les acteurs concernés.
Sauf indication contraire dans les appels d'offres, le principe de base est le cofinancement: les subventions allouées par la Commission couvrent un certain pourcentage du coût total des projets.