La UE coopera con las organizaciones internacionales para desarrollar, aplicar e impulsar sus planes en materia de salud pública. Existen mecanismos específicos de cooperación que ya están en marcha, con la Organización Mundial de la Salud (OMS) y el Consejo de Europa, o en fase de desarrollo, con la Organización de Cooperación y Desarrollo Económicos (OCDE).
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Cooperación en materia de salud: países no miembros de la UE
La UE cuenta con acuerdos de cooperación política con muchos países que no pertenecen a ella. Estos acuerdos incluyen una cláusula sobre salud, que crea un marco de interés mutuo para la cooperación en materia de salud pública.
Los acuerdos también pueden servir de base para la cooperación bilateral entre los distintos países de la UE y el país no miembro de que se trate. Cuando se precisan más negociaciones técnicas, la Comisión Europea (Dirección General de Salud y Consumidores) puede celebrar acuerdos con ministerios nacionales. En 2009 se suscribieron acuerdos sobre salud y seguridad alimentaria con Rusia y China.
Acuerdo UE-Rusia sobre salud y seguridad alimentaria 
English (en)
Acuerdo UE-China sobre salud y seguridad alimentaria English (en)
OMS
La cooperación entre la UE y la OMS English (en) se centra en la puesta en común de información, las enfermedades transmisibles, el control del tabaquismo, el medio ambiente y la salud, el desarrollo sanitario sostenible, la investigación sobre la salud y los procedimientos prácticos de cooperación.
La Comisión coopera con el Centro Internacional de Investigaciones sobre el Cáncer (CIIC) de la OMS, que se dedica a investigar las causas del cáncer en los seres humanos y los mecanismos de carcinogénesis, y a desarrollar estrategias científicas para la prevención y el control del cáncer. Lleva a cabo investigación epidemiológica y de laboratorio y difunde información científica a través de publicaciones, reuniones, cursos y becas de formación.
El Observatorio Europeo de Sistemas y Políticas de Asistencia Sanitaria apoya y promueve la formulación de políticas basada en datos objetivos a través del análisis exhaustivo y riguroso de la dinámica de los regímenes de asistencia sanitaria en Europa. La Comisión Europea es miembro de pleno derecho del Observatorio desde finales de 2009.
Consejo de Europa
La cooperación con el Consejo de Europa English (en) abarca una amplia serie de actividades entre las que se incluye la salud.
OCDE
La UE y la Organización de Cooperación y Desarrollo Económicos (OCDE) English (en) colaboran regularmente y se reúnen para coordinar sus programas políticos y de investigación. La UE es una de los principales contribuyentes al presupuesto de la OCDE y apoya proyectos de interés mutuo en los ámbitos de las cuentas de salud, los indicadores de asistencia sanitaria y la economía y la salud.