Ces dernières décennies, les pays de l'UE ont combattu les maladies infectieuses avec succès grâce aux progrès accomplis en matière de traitement et de prévention. Les taux de maladies infectieuses ont chuté ou sont demeurés stables, et la majorité des décès dans les États membres sont désormais imputables à des maladies non infectieuses comme le cancer et les maladies cardiaques.
Toutefois, les micro-organismes s'adaptent et nous devons nous attendre à voir apparaître des infections nouvelles ou émergentes, comme le VIH/SIDA dans les années 1980, les variantes de la maladie de Creutzfeldt-Jakob dans les années 1990, le SRAS en 2003 et la pandémie de grippe. D'autres défis doivent aussi être relevés, comme la résistance des micro-organismes aux antibiotiques.
Face à la menace des maladies transmissibles, la politique menée par l'UE s'est concentrée sur des mécanismes de:
- surveillance;
- détection rapide;
- réponse rapide.

