La législation communautaire régit la commercialisation et l'utilisation des produits phytopharmaceutiques et leurs résidus dans les denrées alimentaires.

La directive 91/414/CEE du Conseil prévoit que les substances actives ne peuvent être utilisées dans les produits phytopharmaceutiques, sauf si elles figurent sur une liste positive à l'échelle communautaire. Un programme communautaire d'évaluation est en cours dans le but de créer cette liste. La plupart des substances actives soumises à une évaluation sont des pesticides, mais de nombreuses autres -- telles que les régulateurs de croissance, les phéromones, etc. - ne le sont pas. Toutes les applications phytopharmaceutiques sont visées, pas uniquement celles du secteur agricole. Les pesticides utilisés dans d'autre domaines, par exemple comme médicaments vétérinaires ou comme biocides, sont régis par d'autres textes législatifs. Lorsqu'une substance est inscrite sur la liste positive, les États membres peuvent autoriser l'utilisation des produits la contenant.

Les résidus de pesticides dans les denrées alimentaires sont régis par quatre directives du Conseil: 76/895/EEC , 86/362/EEC , 86/363/EEC et 90/642/EC . Le règlement (CE) n° 396/2005 les consolide et les modifie. La législation porte sur la fixation de teneurs maximales pour les résidus de pesticides pouvant résulter de l'utilisation de pesticides dans une application phytopharmaceutique ainsi que leur surveillance et les moyens de les combattre dans les produits d'origine animale ou végétale.

Les teneurs maximales fixées sont conformes aux bonnes pratiques agricoles des États membres et des pays tiers. Ces teneurs sont définies au terme d'une évaluation des risques éventuels encourus par les consommateurs des différentes catégories d'âge et elles ne sont fixées que lorsqu'elles sont considérées comme sûres. Ces teneurs sont destinées à faciliter les échanges; il ne s'agit pas de limites toxicologiques. Le dépassement d'une teneur maximale dénote davantage une utilisation incorrecte d'un pesticide qu'un risque pour les consommateurs. Cependant, chaque dépassement fait l'objet d'une surveillance, d'une évaluation et d'une notification rigoureuses aux autorités des États membres par le biais du système d'alerte rapide pour les denrées alimentaires lorsqu'il existe un risque potentiel pour les consommateurs.