EU-lovgivningen indeholder bestemmelser om markedsføring og brug af plantebeskyttelsesmidler og restkoncentrationer heraf i fødevarer.

Af Rådets direktiv 91/414/EØF fremgår det, at aktive stoffer ikke må anvendes i plantebeskyttelsesmidler, medmindre de er optaget på EU's positivliste. Et EU-evalueringsprogram, hvis formål er oprettelse af denne liste, er under udarbejdelse. De fleste af de aktive stoffer, som skal evalueres, er pesticider, men der er også mange andre stoffer som f.eks. plantevækstregulatorer, feromoner osv. Alle anvendelsesformål inden for plantebeskyttelse - herunder ikke kun i landbruget - er dækket. Pesticider, som anvendes inden for andre områder, f.eks. som veterinærlægemidler eller biocider, er dækket af anden lovgivning. Når et stof er blevet optaget på positivlisten, kan medlemsstaterne godkende brugen af midler, som indeholder det pågældende stof.

Der findes bestemmelser om restkoncentrationer af pesticider i fødevarer i følgende fire direktiver: Rådets direktiv 76/895/EØF , 86/362/EØF , 86/363/EØF and 90/642/EØF . Forordning (EF) nr. 396/2005 konsoliderer og ændrer disse. Lovgivningen dækker fastsættelse af grænseværdier for samt overvågning og kontrol af restkoncentrationer af pesticider i produkter af vegetabilsk og animalsk oprindelse, som kan skyldes anvendelse af disse i plantebeskyttelsesmidler.

Grænseværdierne er blevet fastsat i overensstemmelse med god landbrugspraksis i medlemsstaterne og tredjelande. Grænseværdierne er blevet fastsat på grundlag af en evaluering af risikoen for forbrugere i forskellige aldersgrupper, og der er kun blevet fastsat grænseværdier, der betragtes som sikre. Grænseværdierne har til formål at lette handelen og er ikke toksikologiske grænser. Overskridelse af grænseværdierne er i højere grad et tegn på ukorrekt anvendelse af pesticiderne end på en risiko for forbrugerne. Ikke desto mindre foregår der en nøje overvågning og evaluering af sådanne overskridelser, og der gives meddelelse om disse til myndighederne i medlemsstaterne gennem systemet for hurtig udveksling af oplysninger om fødevarer, hvis der er tale om en mulig risiko for forbrugerne.