Door het Witboek van de Commissie over voedselveiligheid van 12 januari 2000 loopt als een rode draad de gedachte dat het voedselveiligheidsbeleid op een totale aanpak voor de hele voedselketen gebaseerd moet zijn en dat - met het oog op een succesvolle bescherming van de gezondheid van de consument - alle schakels in deze keten even sterk moeten zijn. De Europese zaadindustrie is de belangrijkste leverancier voor de voeder- en voedselketen in Europa. Door de toegenomen nadruk op de onderlinge samenhang binnen de levensmiddelenproductie is sinds september 1999 niet langer het directoraat-generaal Landbouw maar het directoraat-generaal Gezondheid en consumentenbescherming voor zaaigoed verantwoordelijk.

Volgens het Witboek over voedselveiligheid moeten er aan de consumenten veilige producten van uitstekende kwaliteit uit alle lidstaten worden aangeboden. Dit is de essentiële rol van de interne markt. De richtlijnen voor het in de handel brengen van zaai- en pootgoed, die betrekking hebben op landbouw-, groente-, bosbouw-, fruit- en siergewassen en wijnstokken, ondersteunen het functioneren van de interne markt doordat zij garanderen dat het in de EU in de handel gebrachte zaai- en pootgoed aan bepaalde gezondheids- en kwaliteitsvoorschriften voldoen.

Behalve deze aspecten zijn ook de plantengezondheid, de bescherming van het intellectuele eigendom (rechten van de kwekers van de plantenrassen), genetisch gemodificeerde zaden (het in de handel brengen van), de biologische landbouw (en daarvoor geschikt zaai- en pootgoed) en de bescherming van de biodiversiteit rechtstreeks geregeld of is de samenhang daarmee gewaarborgd.

Bij problemen met de aanvoer van zaden in de EU (meestal vanwege een te geringe kiemkracht) die niet op een andere manier kunnen worden opgelost, mag in EU-landen voor een bepaalde periode zaad in de handel worden gebracht dat voldoet aan minder stringente eisen.

De Commissie wordt door de lidstaten bijgestaan via drie permanente comités: het Permanent Comité voor teeltmateriaal voor land-, tuin- en bosbouw, het Permanent Comité voor teeltmateriaal van siergewassen en het Permanent Comité voor teeltmateriaal van geslachten en soorten fruit.