L'obiettivo del regime comunitario in materia fitosanitaria è quello di impedire l'introduzione nel territorio comunitario di organismi nocivi per le piante o per i prodotti vegetali o la loro diffusione nella Comunità.

Il regime fitosanitario nella Comunità è definito dalla direttiva del Consiglio 2000/29/CE. I principi generali si basano sulle disposizioni definite dalla convenzione internazionale per la protezione dei vegetali dell'Organizzazione delle Nazioni Unite per l'alimentazione e l'agricoltura e dall'accordo sulle misure sanitarie e fitosanitarie dell'Organizzazione mondiale per il commercio.

Sono organismi nocivi qualsiasi specie, ceppo o biotipo di piante, animale o agente patogeno dannoso per i vegetali o i prodotti vegetali.

Per vegetali si intendono le piante vive e determinate parti vive di piante, comprese le sementi (esclusi i chicchi). Le parti vive delle piante comprendono frutti, nel senso botanico del termine, che non siano stati conservati mediante congelazione, verdure che non siano state conservate mediante congelazione, tuberi, cormi, bulbi, rizomi, fiori recisi, rami dotati di fogliame, alberi tagliati dotati di fogliame, foglie, fogliame, colture di tessuti vegetali, polline vivo, gemme, talee, marze e qualsiasi altra parte dei vegetali che possa essere specificata conformemente alla procedura del Comitato fitosanitario permanente.

Per prodotti vegetali s'intendono i prodotti di origine vegetale, non trasformati o che abbiano subito una preparazione semplice, sempre che non si tratti di vegetali.

Per raggiungere lo scopo indicato prima, vengono definiti i diritti e i doveri ai quali gli Stati membri devono attenersi al fine di disciplinare gli spostamenti di vegetali o prodotti vegetali sul loro territorio e per regolare l'introduzione nella Comunità di vegetali o prodotti vegetali provenienti da paesi terzi. Ai paesi terzi che intendono esportare vegetali o prodotti vegetali nella Comunità vengono imposti obblighi precisi.