Le principal objectif de la législation phytosanitaire de l'Union consiste à protéger la sécurité des denrées alimentaires produites à partir de végétaux et à garantir la santé et la qualité des cultures dans tous les États membres.

Cette réglementation régit en outre les échanges de végétaux et de produits végétaux au sein de l'Union ainsi que les importations en provenance du reste du monde conformément aux normes et obligations phytosanitaires internationales.

L'Union européenne contrôle la vente et l'utilisation des produits phytopharmaceutiques et des pesticides et fixe des normes permettant d'assurer la surveillance et le contrôle des résidus de pesticides. L'Union met en ouvre des mesures de prévention afin de se prémunir contre l'introduction et la propagation d'organismes nuisibles pour les végétaux et les produits végétaux au sein de l'Union. Elle veille également aux critères de qualité dans le cadre de la vente des semences et des matériels de multiplication à l'intérieur de l'Union.

La législation communautaire couvre en outre les droits de propriété intellectuelle accordés aux variétés végétales ainsi que la conservation et l'utilisation des ressources génétiques.