El principal objetivo de la legislación fitosanitaria europea es proteger la seguridad de los alimentos derivados de vegetales y garantizar la salud y la calidad de los cultivos en todos los Estados miembros.

También regula el comercio de vegetales y productos vegetales en el interior de la Comunidad así como las importaciones procedentes del resto del mundo, de conformidad con las normas y los compromisos internacionales en materia de fitosanidad.

La Unión Europea supervisa la venta y la utilización de productos fitosanitarios o plaguicidas y fija normas encaminadas a vigilar y controlar los residuos de plaguicidas. Aplica, asimismo, medidas preventivas destinadas a evitar la introducción y la propagación de organismos nocivos para los vegetales y los productos vegetales en el interior de la Comunidad. También garantiza condiciones de calidad para la venta de semillas y material de propagación en el interior de la UE.

La legislación comunitaria cubre también los derechos de propiedad intelectual otorgados a las variedades vegetales, así como la conservación y la utilización de recursos genéticos.