Hauptziel der EU-Pflanzenschutzgesetzgebung ist die Sicherheit der aus Pflanzen gewonnenen Lebensmittel und die Erfüllung der Gesundheits- und Qualitätsanforderungen an Nutzpflanzen in allen Mitgliedstaaten.

Geregelt sind auch der Handel mit Pflanzen und Pflanzenerzeugnissen in der EU und die Einfuhr aus der übrigen Welt nach internationalen Pflanzenschutzstandards und -auflagen.

Die EU überwacht Vertrieb und Verwendung von Pflanzenschutzmitteln bzw. Pestiziden und legt Standards für die Überwachung und Kontrolle von Pestizidrückständen fest. Sie trifft Vorbeugungsmaßnahmen gegen die Einschleppung und Ausbreitung von Pflanzenschädlingen in der EU und macht Qualitätsvorgaben für den Vertrieb von Saatgut und Vermehrungsmaterial in der EU.

Unter das EU-Recht fällt auch das Recht auf geistiges Eigentum bei Pflanzensorten sowie die Erhaltung und Nutzung genetischer Ressourcen.