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L'objectif premier de la politique de la Commission européenne en matière de sécurité alimentaire est de garantir un niveau élevé de protection de la santé humaine et des intérêts des consommateurs dans le domaine alimentaire, tout en tenant compte de sa diversité, et notamment des produits traditionnels, et en assurant le fonctionnement efficace du marché intérieur.

Le principe directeur de la Commission, défini principalement dans son Livre blanc sur la sécurité alimentaire, consiste à appliquer une approche intégrée de l'étable à la table couvrant l'ensemble des secteurs de la chaîne alimentaire, dont notamment la production d'aliments pour animaux, la production primaire, la transformation des denrées alimentaires, l'entreposage, le transport et la vente au détail.