Les risques biologiques tels que les bactéries, les virus ou les prions sont présents dans les denrées alimentaires, et en particulier dans les produits d'origine animale. Les salmonelles dans le volailles, la Listeria monocytogenes dans les viandes et les produits laitiers, les biotoxines dans les mollusques vivants, les trichines chez les chevaux, les sangliers et les porcs et l' ESB chez les bovins représentent, notamment tous une menace sérieuse pour la santé publique. À la suite des crises alimentaires des années 1990, la Commission a pris de nouvelles mesures pour renforcer le niveau de sécurité alimentaire et restaurer la confiance des consommateurs. Ces mesures, fondées sur des bases scientifiques solides, comprennent notamment:

• une approche coordonnée et globale de l'hygiène alimentaire, couvrant toutes les étapes de la chaîne alimentaire et appliquant une politique transparente en matière d' hygiène à tous les exploitants des secteurs de l'alimentation humaine et animale;
• une amélioration des connaissances des sources et des tendances des agents pathogènes par la surveillance des agents zoonotiques dans l'ensemble de la chaîne alimentaire humaine ou animale; la mise en place de programmes de lutte contre les salmonelles et d'autres agents zoonotiques présents dans la chaîne alimentaire afin de réduire le risque pour la santé publique et de servir de base à l'adoption de mesures permettant de gérer ces risques;
• une évaluation de la sécurité et de la qualité de tous les types de denrées alimentaires, par la définition de critères microbiologiques, applicables aussi bien au moment de leur production que de leur mise sur le marché;
• une lutte efficace contre les encéphalopathies spongiformes transmissibles (ESB, tremblante, etc.); la mise au point de mesures visant à éviter la contagion d'autres animaux ou la contamination des consommateurs; l'harmonisation des mesures de lutte contre les EST dans les États membres et des règles applicables aux importations en provenance de pays tiers en ce qui concerne les EST;
• l'interdiction du recyclage dans les aliments pour animaux ou dans les produits techniques de certains sous-produits animaux et l'identification de méthodes de remplacement sûres pour l'utilisation ou l'élimination des déchets animaux.