Riesgos biológicos como las bacterias, los virus o los priones están presentes en los alimentos y, en particular, en los productos de origen animal. La salmonella en las aves de corral, la Listeria monocytogenes en los productos lácteos y cárnicos, las biotoxinas en los moluscos vivos, las triquinas en los caballos, jabalíes y cerdos domésticos y la EEB en el ganado, en particular, plantean graves riesgos para la salud pública. Tras la crisis alimentaria de los noventa, la Comisión tomó nuevas medidas para aumentar el nivel de seguridad alimentaria y devolver la confianza a los consumidores. Entre estas medidas, basadas en opiniones científicas reconocidas, se incluyen las siguientes:

• Un enfoque holístico y coordinado con respecto a la higiene alimentaria, que cubre todos los niveles de la cadena alimentaria y aplica una política transparente de higiene a todos los alimentos y explotadores alimentarios.
• La mejora del conocimiento de las fuentes y las tendencias de los patógenos mediante la vigilancia de los agentes zoonóticos en toda la cadena de los alimentos y los piensos. El establecimiento de programas de control de la salmonella y otras enfermedades zoonóticas transmitidas a través de los alimentos con el fin de reducir los riesgos para la salud pública y sentar las bases para la adopción de medidas que gestionen estos riesgos.
• Una evaluación de la seguridad y la calidad de todos los tipos de productos alimentarios mediante la fijación de criterios microbiológicos , aplicables a los establecimientos dedicados a la producción de alimentos y a los productos del mercado.
• El control efectivo de las encefalopatías espongiformes transmisibles (EEB, tembladera, etc.). El desarrollo de medidas encaminadas a evitar el contagio de otros animales o la contaminación de los consumidores. La armonización de las medidas relacionadas con las encefalopatías espongiformes transmisibles (EET) en los Estados miembros y de las normas aplicables a las importaciones de terceros países con respecto a las EET.
• " La prohibición de transformar determinados subproductos animales en piensos o productos técnicos y la determinación de métodos alternativos seguros para la utilización o el desecho de los residuos animales.