Biologische Risiken durch Bakterien, Viren oder Prionen treten vor allem in Lebensmitteln tierischen Ursprungs auf. So stellen Salmonellen in Geflügelfleisch, Listeria monocytogenes in Molkerei- und Fleischprodukten, Biotoxine in lebenden Weichtieren , Trichinen im Fleisch von Pferden, Wildschweinen und Hausschweinen sowie BSE bei Rindern ernsthafte Risiken für die öffentliche Gesundheit dar. Nach den Krisen im Lebensmittelsektor in den 1990er Jahren hat die Kommission neue Maßnahmen getroffen, um die Lebensmittelsicherheit zu verbessern und das Vertrauen der Verbraucher wieder herzustellen. Diese auf einer tragfähigen wissenschaftlichen Begutachtung beruhenden Maßnahmen umfassen :

• ein koordiniertes ganzheitliches Konzept für die Lebensmittelhygiene, das alle Stufen der Lebensmittelkette umfasst und für alle Lebens- und Futtermittelunternehmen eine transparente Hygienepolitik vorschreibt
• Erforschung der Quellen und Tendenzen von Pathogenen durch Überwachung der Krankheitserreger in der gesamten Lebens- und Futtermittelkette. Durch Kontrollprogramme für Salmonellen und andere lebensmittelbedingte Zoonoseerkrankungen soll die Gefährdung der Öffentlichkeit reduziert und die Grundlage für ein entsprechendes Risikomanagement geschaffen werden
• Bewertung der Sicherheit und Qualität aller Lebensmittelsorten durch Festlegung mikrobiologischer Kriterien zur Anwendung bei der Lebensmittelherstellung und der Vermarktung der Produkte
• Effektive Bekämpfung der Transmissiblen Spongiformen Enzephalopathien (BSE, Scrapie usw.). Maßnahmen zur Verhinderung der Ansteckung anderer Tiere oder der Kontamination von Verbrauchern. Harmonisierung von TSE-Maßnahmen in den Mitgliedstaaten und der entsprechenden Einfuhrvorschriften für Drittländer
• Verbot der Rückführung bestimmter tierischer Nebenprodukte in Futtermittel oder technische Produkte und Ermittlung sicherer Alternativverfahren zur Verwertung oder Entsorgung tierischer Abfälle.