Biologiske farer som f.eks. bakterier, vira eller prioner findes i fødevarer, navnlig i animalske produkter. Navnlig Salmonella i fjerkræ, Listeria monocytogenes i mejeriprodukter og kødprodukter, biotoksiner i levende bløddyr, trikiner i heste, vildsvin og tamsvin og BSE i kvæg udgør alle en alvorlig risiko for folkesundheden. Efter fødevarekrisen i 1990'erne traf Kommissionen nye foranstaltninger med henblik på at øge fødevaresikkerheden og genoprette forbrugernes tillid. Disse foranstaltninger, som er baseret på underbyggede videnskabelige udtalelser, omfatter:

• En koordineret og integreret tilgang til fødevarehygiejne, som dækker alle niveauer i fødevarekæden og indebærer en gennemsigtig hygiejne politik omfattende alle fødevare- og foderstofvirksomheder.
• Øget kendskab til kilderne til og tendenserne vedrørende patogener gennem overvågning af zoonotiske agenser i hele fødevare- og foderkæden. Etablering af bekæmpelsesprogrammer vedrørende salmonella og andre fødevarebårne zoonoser for at reducere risikoen mod folkesundheden og tilvejebringe et grundlag for at vedtage foranstaltninger til risikostyring.
• En vurdering af sikkerheden ved og kvaliteten af alle former for fødevarer gennem fastlæggelse af mikrobiologiske kriterier , som finder anvendelse på fødevareproduktionsstedet og over for alle produkter på markedet.
• Effektive foranstaltninger til bekæmpelse af transmissible spongiforme encephalopatier (BSE, scrapie osv.). Udvikling af foranstaltninger, som har til formål at forhindre smitte af andre dyr og forbrugerne. Harmonisering af TSE-foranstaltningerne i medlemsstaterne og de TSE-importregler, som finder anvendelse over for tredjelande.
• Forbud mod genanvendelse af visse animalske biprodukter animalske biprodukter i foderstoffer eller tekniske produkter og fastlæggelse af sikre alternative metoder til anvendelse eller bortskaffelse af animalsk affald.