John Dalli est le commissaire responsable de la direction générale de la Santé et de la Protection des consommateurs (directeur général: Paola Testori Coggi), qui est notamment chargé des dossiers suivants concernant la protection animale:

• Gestion des comités scientifiques responsables de la santé des consommateurs et de la sûreté alimentaire; le travail des comités est basé sur les principes d'excellence, d'indépendance et de transparence. L'un de ces comités est le comité scientifique de la santé et du bien-être des animaux Le comité scientifique de la santé et du bien-être des animaux a tenu sa dernière session pleinière le 24-25 avril 2003. La responsabilité de délivrer des avis scientifiques dans ce domaine a désormais été transferré au groupe sur la santé animale et le bien-être des animaux de l'Autorité Européenne de Sécurité des Aliments
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• mise au point de nouvelles normes de protection des animaux dans les élevages, en cours de transport et lors de l'abattage, ainsi que d'autres initiatives de politique communautaire dans ce domaine
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• mesures garantissant que les États membres dans leur rôle de gardiens des traités appliquent convenablement la législation en vigueur dans les domaines en question
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• Gestion du comité vétérinaire permanent au sein duquel des représentants des États membres examinent les questions d'actualité relevant du domaine vétérinaire (santé animale, protection des animaux, santé publique) et adoptent le cas échéant des mesures d'urgence
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• surveillance et contrôle effectués par l'Office Alimentaire et Vétérinaire (OAV) dans les États membres afin de vérifier l'application convenable et uniforme des dispositions communautaires par les autorités nationales compétentes
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• Le 6 août 2004, la Commission européenne a arrêté une décision afin de créer un groupe consultatif de la chaîne alimentaire et de la santé animale et végétale accompagnée d'une communication de la Commission relative à la création d'un groupe consultatif de la chaîne alimentaire et de la santé animale et végétale, et à l'établissement d'une procédure de consultation dans le domaine de la chaîne alimentaire et de la santé animale et végétale à travers les organismes représentatifs au niveau européen.
  
  La Commission consulte le groupe sur son programme de travail dans différents domaines, notamment le bien-être animal.
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Les autorités compétentes des États membres sont responsables de :

• la transposition des directives dans la législation nationale
• la mise en ouvre des dispositions communautaires au niveau national
• la mise en ouvre permanente des dispositions communautaires par l'intermédiaire d'initiatives nationales dans le domaine de la législation et du contrôle.