Manuel Marín a été vice-président de la CCE chargé des Affaires sociales et de l'Emploi, de l'Éducation et de la Formation du 05/01/1986 au 05/01/1989 et vice-président de la CCE chargé de la Coopération et du Développement et de la Politique de la pêche du 06/01/1989 au 05/01/1993, pour ensuite être chargé comme vice-président de la CE de la Coopération et du Développement (des Relations de coopération économique avec les pays de la Méditterranée du Sud, du Moyen-Orient, du Proche Orient, de l'Amérique latine et de l'Asie et de la Convention de Lomé) et de l'Office européen d'aide humanitaire d'urgence du 06/01/1993 au 06/01/1995. A partir du 23/01/1995, il est vice-président de la CE chargé des Relations extérieures avec les pays de la Méditerranée du Sud, du Moyen- et du Proche-Orient, de l'Amérique latine et de l'Asie (sauf le Japon, la Chine, la Corée, Hong-Kong, Macao et Taiwan), y inclus les questions d'aide au développement jusqu'au 06/03/1999. Il devient alors membre de la CCE faisant fonction du 06/03/1999 au 19/7/1999 et finalement il assume les fonctions de président de la CE faisant fonction du 19/7/1999 au 16/09/1999.